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Forschungsprojekt aus §26 oder §27 Mitteln
Laufzeit : 2018-10-01 - 2022-09-30

Um die Potenziale der sich rasant entwickelnden Omics-Technologien und die Verarbeitung der damit verbundenen riesigen Datenmengen optimal erschliessen zu können, sind die Schaffung zusätzlicher Kompetenz auf dem Gebiet der Bioinformatik und die Entwicklung neuer Auswertealgorithmen unerlässlich. Ziel des vorliegenden Projekts ist es, die verschiedenen „Omics-Disziplinen“ (Genomik, Transkriptomik, Proteomik und Metabolomik) am Technopol Tulln zu vernetzen und die auf diesen Gebieten tätigen Wissenschaftler durch Aufbau einer Bioinformatik-Plattform zu unterstützen. Durch den Aufbau zusätzlicher Kompetenz und neuer innovativer Methoden soll so ein zusätzlicher Nutzen für die bereits auf hohem Niveau laufende Forschung erzielt werden. In diesem Projekt sollen neue Bioinformatik-Werkzeuge entwickelt und etabliert werden, die für viele (auch zukünftige) Fragestellungen in den Biowissenschaften eingesetzt werden können um den riesigen Umfang an Rohdaten zu reduzieren, statistisch auszuwerten und grafisch so aufzubereiten, dass diese für die weitere Interpretation zugänglich werden. Das Projekt ist in vier wissenschaftliche Module gegliedert. Um den angestrebten Nutzen zu maximieren werden die Bioinformatiker in bereits bestehende Forschungsprojekte im Bereich der Omics-Disziplinen eingebunden. Für das die sie allgemein einsetzbare, benutzerfreundliche Softwarelösungen für die Datenauswertung entwickeln sollen. Zusätzlich sollen die und in den jeweiligen Projekten auch die Prozessierung der Messdaten zu übernehmen und gezielt zu erweitern.
Forschungsprojekt aus §26 oder §27 Mitteln
Laufzeit : 2018-09-01 - 2020-08-31

Die Biostabilität des Wassers (d.h. die Speicher- und Verteilbarkeit ohne Qualitätsbeeinträchtigung) ist ein zentrales Kriterium in der Trinkwasserversorgung. Sie hat einerseits große Relevanz für die Genusstauglichkeit (z.B. schlechter Geschmack/Geruch durch mikrobielle Stoffwechselprodukte) und spielt andererseits für den Gesundheitsschutz des Konsumenten (Volksgesundheit) eine bedeutende Rolle (z.B. Vermehrung von opportunistischen Krankheitserregern wie etwa Pseudomonas aeruginosa). Die Bestimmung der Biostabilität des Wassers ist bis Dato technisch unzureichend gelöst. Aufgrund der ständigen Erwärmung unserer Grundwasserressourcen (im Schnitt 0.05 C° proJahr durch Effekte der Klimaerwärmung) und der damit verbundenen erhöhten Neigung des Wachstums opportunistischer Krankheitserreger, kommt der verbesserten Analyse/Vorhersagbarkeit der Biostabilität von Wasser eine zunehmend essentielle Rolle im Qualitätsmanagement der Trinkwasserversorgung zu. Im gegenständlichen Projekt soll ein zukunftsweisendes experimentelles Untersuchungsverfahren auf Basis modernster DNA-Sequenzierungsmethoden zum sensitiven Nachweis von Mikroorganismen und ihrer Populationsdynamik im Zuge der Biostabilitätsuntersuchung von Grund- und Trinkwasser entwickelt und evaluiert werden. Darüber hinaus soll die Möglichkeit der Kopplung von hochauflösender DNA-Sequenzierung und chemischer Analytik überprüft werden, um biochemische Schlüsselprozesse in der Wasserversorgung verfolgbar zu machen. Der Fokus dieses Projektes ist dabei auf die Entwicklung neuer Lösungsstrategien für die Untersuchung von Trinkwasserressourcen, welche in Niederösterreich von Bedeutung sind, ausgerichtet (Brunnenwasser, Grundwasser, Quellwasser). Die Untersuchung des Einflusses von Desinfektionsverfahren, Rohrmaterialien oder Biofilmen auf die Biostabilität des Wassers ist nicht unmittelbarer Gegenstand von AQUASCREEN. Das zu entwickelnde Verfahren kann jedoch selbstverständlich zur Untersuchung dieser Fragstellungen zukünftig eingesetzt werden.
Forschungsprojekt aus §26 oder §27 Mitteln
Laufzeit : 2018-10-01 - 2025-09-30

Das CD Labor für innovative Darmgesundheitskonzepte bei Nutztieren ist in ein Hauptmodul an der Veterinärmedizinischen Universität Wien (CDL-Leiter Prof. Quendrim Zebeli) und in ein externes Modul am IFA-Tulln der BOKU gegliedert. In dem Projekt werden die Einflussfaktoren auf die Darmgesundheit bei Rindern und Schweinen untersucht. Spezieller Fokus liegt auf Milchkühen im Übergangszustand und Ferkeln in der Entwöhnungsphase. Es sollen die Gründe für verminderte Darmgesundheit erforscht werden, frühe Indikatoren dafür gefunden werden und in weiterer Folge Futtermittelzusätze zur Verhinderung von Dysbiose entwickelt und getestet werden. Das externe Modul stellt eine Metabolomics Plattform dar, mit deren Hilfe die Fragestellungen des Projektes beantwortet werden sollen. Insbesondere sollen Biomarker gefunden werden, die Aufschluss über die Darmgesundheit geben. Zu den Aufgaben des externen Moduls zählen die Entwicklung, Validierung und Anwendung von auf Hochleistungsflüssigkeitschromatographie und Massenspektrometrie basierenden Methoden zur Bestimmung von über 300 Metaboliten des Primärstoffwechsels in verschiedenen tierischen Matrizes wie z.B. Rumenflüssigkeit, Urin, Kot, Blut, Speichel und Milch. Zusätzlich zur zielgerichteten Metabolomics Analyse sollen nicht-zielgerichtete Metabolomics Arbeitsabläufe entwickelt und in weiterer Folge auf ihre Robustheit getestet werden, neue Biomarker zu entdecken. Weiters soll eine hauseigene Datenbank mit den Verbindungen des Rinder- und Schweinemetaboloms erstellt werden. Verschiedene Isotopenmarkierungstechniken wie die differentielle Isotopenmarkierungstechnik sollen zur gezielten Derivatisierung von Verbindungen mit speziellen funktionellen Gruppen entwickelt werden, um Unterschiede im Metabolom kranker und gesunder Tiere bzw. unterschiedlich gefütterter/behandelter Tiere zu erkennen. Schließlich sollen die am besten geeigneten Biomarker-Matrix Kombinationen eingesetzt werden, um die Effizienz von Futtermittelzusätzen zur Erhaltung der Darmgesundheit bei Milchkühen im Übergangszustand und bei Ferkeln in der Entwöhnungsphase zu testen.

Betreute Hochschulschriften