Die Abteilung Umweltbiotechnologie befasst sich mit der Entwicklung und dem praktischen Einsatz umweltbiotechnologischer Verfahren.
Der Begriff "Umweltbiotechnologie" wird den gegenwärtigen ökonomischen Erfordernissen entsprechend weit interpretiert. Einerseits werden Nachsorgeverfahren für die Sanierung schadstoffbelasteter Gewässer oder Böden entwickelt bzw. optimiert, andererseits neue Verfahren zur Vermeidung von Umweltbelastungen bzw. zur Verwertung von Abfällen oder Nebenprodukten entwickelt. 

Die angewandte Ausrichtung der Abteilung zeigt sich insbesondere in der Personalstruktur: das Team setzt sich aus 12 Personen Stammpersonal und 48 Projektmitarbeitern zusammen.
Internationalität wird an der Abteilung tagtäglich gelebt, so stammen die aktuell beschäftigten Projektmitarbeiter und Austauschstudenten aus insgesamt 10 Nationen.